Kaple sv. Jana Sarkandra se nachází po levé straně baziliky. Jedná se o menší neobarokní stavbu z roku 1889. Vznikla přestavbou staré rottalovské kaple z roku 1658. V roce 1749 byla upravena a zasvěcena sv. Jiljí. Od roku 1890 je zasvěcena Janu Sarkandrovi. Oltářní obraz a nástěnné malby jsou dílem Antoníka Königa z Prahy. Sv. Jan Sarkandr byl holešovský kněz, jehož v roce 1620 umučili v Olomouci jako oběť povstání českých a moravských stavů proti Habsburkům.